Начало войны с фашистской Германией привело к существенному замедлению развития местной экономики. Быстрый прорыв немцев к Москве превратил область в прифронтовую. Город Красногорск не стал исключением. До переломного момента линия фронта проходила в нескольких километрах от пригорода Красногорска.
Местные предприятия на время боевых действий были эвакуированы в тыл. После того как враг начал отступление, производство на оптическом заводе было восстановлено. Сам город не сильно пострадал от бомбежек или артиллерийского обстрела. Местное население принимало активное участие в обороне Родины. Был создан батальон народного ополчения и трудовые отряды, которые участвовали в постройке оборонительных сооружений и послевоенном восстановлении страны.
После переломного сражения на территории города был организован лагерь военнопленных. Среди заключенных было большое количество великолепных ученых и инженеров, среди которых Конрад Лоренц. Все заключенные приняли участие в восстановлении города. Благодаря их знаниям и усилиям, был проложен железнодорожный электрифицированный путь. Также в Красногорске было оборудовано первое депо для обслуживания электропоездов.
